數據采集卡使用是否得當，也是造成其使用壽命長短以及影響測量系統精度的一個重要方面。

    數據采集卡的售價較高，所以使用中對其保護也是應該考慮的。在高電壓測量中，脈沖電流會將數據采集卡打壞。雖然數據采集卡本身帶有一此保護電路，但從安全與保護方面考慮，還是應該采取一此保護措施。可以在模擬信號的輸入部分采用電壓跟隨器，以起到緩沖和隔離。在數字信號的輸出部分采用光電隔離，以免高電壓串入，導致數據采集卡的損壞。

    在測量時，各種內、外部因素都會影響到測量的精度。測量誤差的來源是多方面的，內部因素除了數據采集卡A/D轉換器本身的各種誤差外，前端的信號調理和整個板卡的布局都會影響到總的測量精度。此外，還有大量的外部因素，如：環境的噪聲、工作溫度、電磁干擾、數據采集卡進行多路采集時各通道間信號的禍合等。

    所以，在數據采集卡使用中，要做好系統的冷卻和散熱。一此專業的測量總線標準，如PXI總線，在冷卻和散熱方面作了嚴格的規范。另外，選擇高質量的電纜，如屏蔽電纜或同軸電纜，和合適的接線方式，可以有效地去除電源線噪聲、電磁干擾噪聲以及可以減小因數據采集卡多路測量通道禍合所帶來的信號失真。

    數據采集卡的接線方式以及各種不同接線方式之間的差異。當數據采集卡采用單端輸入時，是判斷信號與GND的電壓差;采用差分輸入時，是判斷兩個信號線的電壓差。信號受干擾時，差分輸入的兩線會同時受影響，但是電壓差變化不大，即抗干擾性較好。而單端輸入時，只有一條接線變化，而GND不變，所以電壓變化較大，則抗干擾性較差。